Este livro explora o microbioma humano não apenas como uma coleção de invasores estrangeiros ou um único órgão esquecido, mas como um ecossistema biológico complexo e uma civilização invisível que reside dentro e sobre o corpo humano. Ele afasta a perspectiva médica tradicional da teoria dos germes baseada em "buscar e destruir" em direção a um modelo ecológico de saúde. O texto aborda territórios microbianos diversos (intestino, pele, boca, pulmões), os eixos intestino-cérebro e metabólico, as consequências ecológicas dos antibióticos, a disbiose e abordagens terapêuticas emergentes, como prebióticos, probióticos e o transplante de microbiota fecal. Por fim, redefine o indivíduo humano como um "holobionte" — um território negociado e uma aliança colaborativa entre células humanas e vida microbiana.