Apologéticamente Balmes se propone exponer las materias filosóficas con espíritu cristiano, en consonancia con las doctrinas de la Iglesia. Patrióticamente, quiere actualizar la filosofía española —atrasada respecto a las nuevas corrientes extranjeras— con un pensamiento propiamente español. Y científicamente quiere dejar estas cuestiones suficientemente resueltas y de manera tan firme, que no solamente se mantengan como verdaderas, sino que demuestren falsos los errores de otras filosofías contrarias.
«No me lisonjeo de fundar una filosofía, pero me propongo examinar sus cuestiones fundamentales; por eso llamo a la obra: Filosofía fundamental. Me ha impulsado a publicarla el deseo de contribuir a que los estudios filosóficos adquieran en España mayor amplitud de la que tienen en la actualidad, y de prevenir, en cuanto alcancen mis débiles fuerzas, un grave peligro que nos amenaza, el de introducírsenos una filosofía plagada de errores trascendentales... Tamaña calamidad solo puede precaverse con estudios sólidos y bien dirigidos; en nuestra época el mal no se contiene con la sola represión; es necesario ahogarle con la abundancia del bien. La presente obra, ¿podrá conducir a este objeto? El público lo ha de juzgar.»